Zagrożenia dzieli się na trzy grupy:

• biotyczne (np. szkodliwe owady, grzyby patogeniczne, ssaki roślinożerne);
• abiotyczne – ekstremalne zjawiska atmosferyczne (np. silne wiatry, śnieg, ulewne deszcze, wysokie i niskie temperatury);
• antropogeniczne – wywołane przez człowieka (np. pożary, zanieczyszczenia przemysłowe, zaśmiecanie lasu).

Duże szkody w lesie wyrządzają owady. Stosuje się różne metody oceny ich liczebności: szkodników korzeni szuka się kopiąc doły w glebie, innych owadów poszukuje się w ściółce leśnej, a jeszcze inne odławia w pułapki. Na tej podstawie określa się zagrożenie, jakie stwarzają i w razie potrzeby stosuje zwalczanie. Sprzymierzeńcami leśników w tej dziedzinie są: ptaki, nietoperze, gady, płazy, ryjówki, jeże, mrówki, które zasługują na szczególną ochronę. Dlatego m.in. wiesza się budki lęgowe dla ptaków i schrony dla nietoperzy, pozostawia śródleśne oczka wodne stanowiące wylęgarnie płazów.

W minionych latach na terenie nadleśnictwa największe zagrożenie wystąpiło ze strony takich owadów jak brudnicy mniszka i borecznik, żerujących na igłach sosny. W uprawach dotkliwe szkody powodują  pędraki chrabąszczy. Owady te były zwalczane chemicznie metodą lotniczą.

Spośród grzybów najgroźniejsza jest huba korzeniowa, charakterystyczna dla lasów rosnących na gruntach porolnych. Zwalcza się ją za pomocą preparatu zawierającego konkurencyjny grzyb. Groźne są także: opieńka miodowa, osutka sosnowa i szczególnie w szkółce leśnej mączniak dębu.

Poważnym problemem jest zamieranie jesionu. Choroba uszkodziła wszystkie drzewostany jesionowe, a także zakładane z udziałem jesionu uprawy.

Szkody w lasach wyrządzają też: jelenie, daniele i sarny, szczególnie w młodszych drzewostanach do ok. 20 lat: zjadają liście i młode pędy, zdzierają korę, wydeptują sadzonki. Ze względu na brak naturalnych wrogów, dużych drapieżników, człowiek reguluje liczebność tych zwierząt. Dla ograniczenia szkód grodzi się uprawy, zakłada osłonki na drzewka, osłania je palikami lub smaruje odstraszającymi środkami chemicznymi.

Ogromne zagrożenie dla lasów stanowią pożary, których sprawcą zazwyczaj jest człowiek, jego nieostrożność, czasem nawet celowe podpalenia. W związku z tym leśnicy stworzyli cały system ochrony przeciwpożarowej. Na trenie Nadleśnictwa Golub-Dobrzyń znajdują się 3 wieże obserwacyjne, sieć zbiorników do czerpania wody i oznakowanych dróg pożarowych oraz pasy przeciwpożarowe przy drogach publicznych i liniach kolejowych. W okresie zagrożenia pełnione są dyżury, funkcjonuje system łączności. Prowadzona jest działalność propagandowa, szczególnie w szkołach.

Aktualny stopień zagrożenia pożarowego lasu dla RDLP w Toruniu:

http://www.traxelektronik.pl/pogoda/las/rejon.php?RejID=64

Parametry meteorologiczne, wilgotność ściółki oraz stopień zagrożenia pożarowego w Lasach Państwowych wg stacji:

http://www.traxelektronik.pl/pogoda/las/index.php

Mapa okresowych zakazów wstępu do lasu:

http://zakazywstepu.lasy.gov.pl/